Bevor der Besucher eines der Kabinette betritt, steht er vor dem "Wetterkammerl". Seit 1763 werden hier meteorologische Beobachtungen angestellt. Damit kann Kremsmünster als einzige Wetterstation eine Messreihe über 230 Jahre vorweisen, die nie durch einen Standortwechsel unterbrochen worden ist.
Neben dem astronomischen Museum im sechsten Stock und Ausstellungsstücken aus den Forschungsbereichen der Sternwarte (Geodäsie, Meteorologie, Seismik), werden auch naturwissenschaftliche Sammlungen aus den verschiedensten Bereichen ausgestellt.

Dazu gehören die geologischen, paläontologischen und prähistorischen Sammlungen, die unter anderem einen Ichthyosaurier, ein Höhlenbärenskelett, einen Mammutknochen und die Statuette "Venus vom Galgenberg" zeigen.

Aus dem Bereich Mineralogie sind inzwischen etwa 12.000 Einzelstücken zu bewundern und die zoologische und botanische Sammlung kann mit einer Xylothek (Holzsammlung in Buchform), Pilzmodellen aus Wachs, Glasmodellen von Meerestieren und einer umfangreiche Kolibri-Sammlung aufwarten.

Im Zentrum der volkskundlichen, völkerkundlichen und kulturhistorischen Ausstellung steht das Modell eines Vierkanthofes, rundherum von Hausrat und Trachten aus bäuerlichen Anwesen und Bürgerhäusern umgeben.

Die Aussichtsterrasse ermöglicht dem Besucher einen Blick über das gesamte Stiftsareal und an schönen Tagen einen Landschaftsüberblick bis zu den Bergen des Toten Gebirges.